Małopolska Rada Innowacji została powołana uchwałą Zarządu Województwa Małopolskiego 75/06 z dnia 26 stycznia 2006 r. jako Komitet Sterujący projektem „Wzmocnienie Regionalnej Strategii Innowacji Województwa Małopolskiego”, InnoRegioMalopolska. W styczniu 2008 roku zakończono realizację projektu InnoRegioMalopolska, zatem ten obszar aktywności MRI został zamknięty. 

Mając na uwadze, iż jednym z priorytetowych zadań samorządu regionalnego postulowanym w Strategii Rozwoju Województwa Małopolskiego na lata 2007-2013 było stworzenie warunków sprzyjających rozwojowi innowacji oraz nowoczesnych technologii, istniała konieczność kontynuowania działania Małopolskiej Rady Innowacji. Uchwałą Zarządu Województwa Małopolskiego Nr 287/08 z dnia 10 kwietnia 2008 r. powołano Małopolską Radę Innowacji jako gremium opiniodawczo-doradcze dla Zarządu Województwa Małopolskiego w zakresie polityki innowacyjnej Województwa.

Z uwagi na postawione przed Województwem Małopolskim zadanie polegające na realizacji procesu przedsiębiorczego odkrywania i wdrażania regionalnych inteligentnych specjalizacji niezbędne stało się zaangażowanie MRI w proces przedsiębiorczego odkrywania, w tym współdziałanie z Grupami Roboczymi ds. małopolskich inteligentnych specjalizacji. W związku z tym, w dniu 12 listopada 2015 roku Zarząd Województwa Małopolskiego przyjął uchwałę nr 1517 powołującą na nowo Małopolską Radę Innowacji. Zmienił się skład, zadania oraz regulamin Rady. Zgodnie z uchwałą Rada jest gremium opiniodawczo-doradczym dla Zarządu Województwa Małopolskiego w zakresie innowacyjności i przedsiębiorczości Województwa. Stanowi kluczowy element regionalnego systemu innowacji, uczestniczy w procesie przedsiębiorczego odkrywania oraz wdrażania inteligentnych specjalizacji w Województwie Małopolskim. Uchwała wskazuje podmioty, które będą reprezentowane w Radzie. Szefowie tych podmiotów zgłaszają personalne propozycje swoich przedstawicieli, które podlegają zatwierdzeniu przez Marszałka Województwa Małopolskiego. 

Do zakresu działania Małopolskiej Rady Innowacji należy:

1. Konsultowanie wdrażania Regionalnej Strategii Innowacji Województwa Małopolskiego.
2. Monitoring programów realizowanych w Województwie Małopolskim stymulujących rozwój innowacji i przedsiębiorczości.
3. Opiniowanie realizacji polityki innowacyjnej województwa.
4. Współdziałanie z Grupami Roboczymi ds. małopolskich inteligentnych specjalizacji, w tym opiniowanie i rekomendowanie dokumentów przygotowanych przez te Grupy.
5. Aktywne uczestnictwo w procesie wdrażania małopolskich inteligentnych specjalizacji oraz procesie przedsiębiorczego odkrywania na zasadzie konsultacyjnej, w tym m.in. opiniowanie i proponowanie zmian w dokumentach przygotowywanych przez Grupy Robocze ds. małopolskich inteligentnych specjalizacji.
6. Informowanie i prezentowanie Małopolskiej Radzie Innowacji projektów realizowanych lub mających być realizowanymi przez Członków Rady.
7. Inicjowanie i przygotowywanie działań/projektów mogących być realizowanymi w Województwie Małopolskim, w tym przez poszczególnych Członków Rady, a zawierających się w obszarze.

Skład Małopolskiej Rady Innowacji

Przewodniczący:

• Jacek Krupa - Marszałek Województwa Małopolskiego

• Augustyński Piotr - Zastępca Prezydenta Miasta Krakowa
• Bensz Joanna - Prezes Zarządu CH2M Polska Ltd. sp. z o.o.
• Bułka Jarosław - Wiceprezes Zarządu Silvermedia sp. o.o.
• Pamuła Jan - Prezes Zarządu Małopolskiej Agencji Rozwoju Regionalnego S.A.
• Chart-Olasiński Maciej - Koordynator Wytwórni
• Czekaj Piotr - Członek Zarządu Dragon Poland sp. z o.o. sp. k.
• Flis Maria - Prorektor ds. Rozwoju Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Florkowski Marek - Dyrektor Korporacyjnego Centrum Badawczego ABB sp. z o.o.
• Gadecka-Bukało Magdalena - Prezes Zarządu Tarnowskiego Klastra Przemysłowego S.A.
• Gambuś Florian - Prorektor ds. Organizacji i Rozwoju Uczelni Uniwersytetu Rolniczego
• Głuc Krzysztof - Adiunkt w Wyższej Szkole Biznesu - National-Louis University
• Gutmajer Grzegorz - E&S Chief Engineer Centrum Techniczne Delphi Poland S.A.
• Hałucha Wiesław - Prezes Zarządu Alwernia S.A.
• Hernik Konrad - Wiceprezydent ds. Handlu Izby Przemysłowo-Handlowej w Krakowie
• Jagiełło Krzysztof - Prezes Zarządu Zakładów Mechanicznych "Tarnów" S.A.
• Kazior Jan - Rektor Politechniki Krakowskiej
• Konieczek Zbigniew - Prezes Zarządu Newag S.A.
• Kulczycki Rafał - Dyrektor Wydziału Rozwoju Miasta Urzędu Miasta Krakowa
• Maciaszek Robert - Dyrektor Departamentu Rozwoju Gospodarczego UMWM
• Nocuń Tomasz - Prokurent/Kierownik działu finansowego Selvita S.A.
• Nowak Jan - Wiceprezes Zarządu EDF Polska S.A.
• Okoń-Horodyńska Ewa - Kierownik Katedry Ekonomii i Innowacji Uniwersytetu Jagiellońskiego
• Paluchowska Alina - Wicedyrektor Wojewódzkiego Urzędu Pracy w Krakowie
• Pocztowski Aleksy - Prorektor ds. Nauki Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie
• Potoczny Marek - Dyrektor Funduszy Publicznych i Projektów Przemysłowych w Valeo Autosystemy
• Przybylski Wojciech - Prezes Zarządu Krakowskiego Parku Technologicznego sp. z o.o.
• Rzepecki Łukasz - Prezes Zarządu Softhis sp. z o.o.
• Sady Jan - Prezes Zarządu Miejskiego Przedsiębiorstwo Energetyki Cieplnej S.A.
• Solecki Rafał - Dyrektor Małopolskiego Centrum Przedsiębiorczości
• Szanser Tomasz - Kanclerz Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie
• Szmuc Tomasz - Prorektor ds. Współpracy Akademii Górniczo-Hutniczej
• Szymański Jakub - Dyrektor Departamentu Zarządzania Programami Operacyjnymi UMWM
• Turzyński Józef - Z-ca Dyrektora Instytutu Odlewnictwa w Krakowie
• Urbanowicz Joanna - Dyrektor Departamentu Polityki Regionalnej UMWM
• Waszkiewicz Barbara - Dyrektor Sprzedaży Sektora Publicznego Comarch S.A.
• Zaleski Jacek - Dyrektor Finansowy Nolabel sp. z o.o.
• Zybura-Skrabalak Maria - Dyrektor Instytutu Zaawansowanych Technologii Wytwarzania